%0 Journal Article
%A 陈梦娇
%A 杜红岩
%A 杜庆鑫
%A 杨绍彬
%A 杨赟
%A 朱景乐
%T 基于全基因组重测序技术的‘红叶’杜仲SNP位点开发
%D 2019
%R 10.7525/j.issn.1673-5102.2019.06.018
%J 植物研究
%P 947-954
%V 39
%N 6
%X 为了挖掘与‘红叶’杜仲（<i>Eucommia ulmoides</i> ‘Hongye’）红叶性状紧密联系的SNP位点，进一步揭示红叶性状的遗传基础和分子机理。以‘红叶’杜仲和普通绿叶杜仲‘小叶’杜仲（<i>Eucommia ulmoides</i> ‘Xiaoye’）为研究材料，进行覆盖深度约为10x的全基因组重测序。使用SnpEff软件预测变异位点对蛋白编码的影响，结合花色苷的代谢通路和关键酶基因，筛选与‘红叶’杜仲叶色形成相关的差异位点。利用Sanger测序二代测序筛选的SNP位点，分子标记验证群体是‘红叶’杜仲和‘小叶’杜仲。结果表明，‘红叶’杜仲测序产生Clean data为14.16 Gb，‘小叶’杜仲产生Clean data为14.29 Gb。在‘红叶’杜仲中注释到严重影响蛋白质功能的有1 516个SNP，中度影响的41 328个SNP，在‘小叶’杜仲中存在严重影响蛋白质功能的SNP为1 640个，中度影响功能的SNP为47 192个。测得26 722条基因中有228条基因是与花色苷或类黄酮合成相关的酶基因。经过筛选，确定了12个特异性的SNP位点，均属于外显子区域的错义突变。利用一代测序验证，根据SNP位置设计了7对引物，SNP准确率达到100%。
%U https://bbr.nefu.edu.cn/CN/10.7525/j.issn.1673-5102.2019.06.018